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由于部分开放获取资源缺乏完善的评审机制，论文往往出版过滥，导致开放获取期刊的质量参差不齐；开放获取期刊一般需要作者缴费，而且费用不菲，如果没有相关经费的支持难以长期维持；更为关键的一点是，现在的学术期刊等级是在传统的模式之下通过长期的运作形成的，目前绝大部分高级别高质量期刊都掌握在商业出版商手中，以获取高额利润。 研究者往往会把好的研究成果投给较为权威的学术期刊，而其中绝大部分是非开放获取期刊，这使得原有的期刊格局在今后一段时间内还将基本维持现状。只有解决了这些问题才能使开放获取期刊走入良性发展的轨道，并逐步提高开放获取期刊的声誉。
现在多数期刊要求论文作者在提交论文的同时附上原始数据，或者发布数据到开放的数据仓储。《Horizon 2020框架下的FAIR数据管理指南》中指出，科研数据应能够被发现、访问、互操作、重复使用和机器可读，促进科研人员的知识发现和科研创新以及后续的知识集成和重新利用。可以开放的数据有：交通、科研、气象环境、统计、地理位置、文化类、经济类。
开放科研数据的好处：与其他研究人员进行数据共享，帮助他们深入了解数据产生的过程，能够避免重复研究。利用他人的科研数据能加快科学发现和创新，有利于科研的发展。公开论文的原始数据，可以避免学术不端。但是由于科研数据耗费的精力和资金成本很高，所以有些人担心数据被泄露或篡改，被抢先发表，损害自身利益，表示不愿开放、不敢开放。
截至2019年5月，美国化学学会ACS出版的期刊中，期刊网站上的作者指南中有详细的关于数据公开的政策。ACS出版的62种期刊中有59种期刊有数据要求，要求作者必须提交或者鼓励作者提交科研数据，要求作者将数据作为支持信息提交。英国皇家化学学会RSC的期刊数据发表政策中提到：提交稿件时，作者应提供所需的所有数据，以理解和验证论文中所提出的研究。爱思唯尔Elsevier期刊鼓励作者共享研究数据，作者在发表的论文中链接数据。如果作者在数据仓储存储了研究数据，作者可以将论文直接链接到数据集。Elsevier与多个存储库合作，将ScienceDirect中的论文与相关的知识库链接起来，支持Mendeley数据，使作者能够在免费使用的开放存取存储库中存储与手稿相关的任何研究数据。在提交论文之前，作者可以将相关数据集存储到Mendeley数据中。
1.金色开放存取(Gold Open Access)，文章最终发表版本可以立即永久在网上供免费获取。作者需要承担一篇文章的出版费用来支付出版成本。
2. 绿色开放获取(Green Open Access)，允许文章的非最终版本托管在个人或机构网站上。
目前越来越多的期刊询问预印本选项。在向期刊投稿时，一般会让作者勾选是否同意预印本服务。不同期刊对预印本态度并不一致，应注意有关的期刊政策。需要注意以下几点：
（1） 投稿时检查有无“预印”服务；期刊投稿系统如果有预印本服务的相关选项，一般选择后不能轻易撤回（有一定的窗口期可决定撤回）。
（2）如果已“被预印”；如果论文已经在预印本平台发布了，而投稿的目标期刊不接受预印本，就会被拒稿。
（3）在Cover letter中说明情况；说明该论文已经存储在预印本服务器上，并提供有关的链接，提醒编辑查重前先去掉预印本查重。
在金色开放存取和混合期刊上发表开放获取文章时，作者需要签署一个开放获取协议 ，作者可以选择适合自己的 知识共享许可(Creative Commons licenses) ，并保留文章版权。
一般情况下，可供选择的知识共享许可有：CC-BY、CC-BY- NC、CC-BY NC ND)，最常用的是 CC-BY (Creative Commons Attribution License)，它允许他人在保留原作者署名的前提下自由使用文章,是许多资助者首选的许可类型。选择知识共享许可时也需要考虑项目资助者的政策要求。
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