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EndNote网页版与单机版相比，部分功能有局限。下表为不同版本参数对比：
| 单机版 Desktop | 网页版 Online | |
|---|---|---|
| 全文PDF附件容量 | 无限制（受限于本机存储容量） | 上限2GB |
| 文献库共享 | 支持 | 不支持 |
| 自动文献信息更新 | 支持 | 不支持 |
| 导入PDF全文 | 支持 | 不支持 |
| 创建智能/组合分组 | 支持 | 不支持 |
| 自动查找下载全文 | 支持 | 不支持 |
| 自定义文献格式编辑 | 支持 | 不支持 |
| 期刊简称识别与标准化 | 支持 | 不支持 |
| 高亮与标注PDF全文 | 支持 | 不支持 |
| 在线检索数据库 | 6000+ 个数据库 | 1800+ 个数据库 |
| 内置参考文献格式 | 7000+ 种格式 | 3300+ 种格式 |
